واشنطن-سبأ:
اكتشف فريق دولي من الباحثين 12556 نوعًا جديدًا من البكتيريا والعتائق التي لم تتم زراعتها مطلقًا في المختبر ، وذلك باستخدام تقنية رائعة بشكل لا يصدق تسمى "الميتاجينوميات" metagenomics .
وقال عالم الوراثة بمعهد الجينوم المشترك في وزارة الطاقة الأمريكية ستيفن نايفاخ: "لقد تمكنا من إعادة بناء آلاف الجينومات المجمعة للميتاجينوم (MAGs) مباشرة من عينات بيئية متسلسلة دون الحاجة إلى زراعة الميكروبات في المختبر...ما يميز هذه الدراسة حقًا عن الجهود السابقة هو التنوع البيئي الرائع للعينات التي قمنا بتحليلها."
وبحسب موقع ساينس أليرت فقد تمكن الفريق من الوصول إلى قاعدة بيانات ضخمة تضم أكثر من 10000 ميتاجينوم - وهو مصطلح يعني كل المواد الجينية من عينة بيئية.
ويتم استنساخ أي حمض نووي يمكن استخراجه ثم تسلسله باستخدام خيوط صغيرة من الجينوم ، قبل أن يحاولوا ملاءمة هذه القطع القصيرة من الحمض النووي معًا مرة أخرى.
ويبدو الأمر وكأنه محاولة إعادة تجميع أحجية الصور المقطوعة التي تم وضعها في الخلاط ، ولكن باستخدام تقنية تسمى "binning" ، تمكن الفريق من تجميع 52،515 MAGs معًا من البيانات - العديد منها عالي الجودة ، وكلها بها أكثر من 50 بالمائة من الجينوم الكامل.
ولم يكن الفريق أول من اكتشف الميكروبات باستخدام الميتاجينوميات - في عام 2018 كتبنا عن اكتشاف العلماء 16 فيروساً عملاقًا ، بينما في عام 2017 اكتشف العلماء 20 فرعًا تطوريًا جديدًا في شجرة الحياة باستخدام هذه الأساليب.
ولكن في هذا العمل الجديد الذي نُشر في مجلة Nature Biotechnology ، كان الباحثون يحاولون تحليل عينات من مجموعة كبيرة من المناطق لملء بعض الفجوات التي لدينا في معرفتنا بالميكروبات.
وعندما قام الفريق بفحص الجينومات من العزلات ، و MAGs من الدراسات السابقة ، والجينومات من الخلايا المفردة ، وجدوا أن 12556 من 50000 MAGs لم يتم تسلسلها من قبل.
الآن ، من المهم أن نلاحظ أن هذه الجينومات ليست جيدة مثل تلك التي يمكن أن تحصل عليها من نمو البكتيريا والعتائق في المختبر ، ومن ثم ترتيبها. قد تخلط عملية التجميع بعض قطع الجينوم بين الأنواع البكتيرية ، وغالبًا ما تكون أجزاء من الجينوم مفقودة ؛ ولكن بدون القدرة على إنماء هذه الأنواع المعينة في المختبر ، لا تزال طريقة رائعة لاكتشاف الميكروبات في العالم من حولنا.
وقال نايفاح: "بالنظر عبر شجرة الحياة ، من المذهل عدد السلالات غير المزروعة التي لا يمثلها سوى مجموعات MAGs" ...في حين أن مسودات الجينومات هذه غير كاملة ، إلا أنها لا تزال تكشف الكثير عن بيولوجيا وتنوع الميكروبات غير المستزرعة."
